高铁香港段开通运营后，可直达的44个内地站点包括广深港专线上的福田、深圳北、光明城、虎门、庆盛和广州南6个短途站点，以及沿京广线、杭福深线、沪昆线和贵广线，包括北京、上海、昆明、桂林、贵阳、石家庄、郑州、武汉、长沙、杭州、南昌、福州、厦门和汕头等38个长途站点。
高铁香港段在开通初期，高峰期每日开行114对短途列车，平日和周末则分别每日开行70对和82对列车。列车班次可根据乘客量作适当调整。至于直达长途列车，每日均开行13对。
香港特区政府运输及房屋局局长陈帆表示，虽然高铁香港段只有短短26公里，但是它加强了香港与内地的交通连接，促进香港与内地各大城市之间的经贸和人文交流，既可巩固香港交通枢纽的地位，亦令香港充分受惠于粤港澳大湾区建设带来的协同效应和机遇。
票价方面，西九龙站至各个短途站点的二等座票价最便宜的是至福田的68元人民币(约78港币)，最贵的是至广州南的215元人民币(约247港币)；至京广线、杭福深线、沪昆线和贵广线上的长途站点的直达列车二等座票价，最高票价分别为至北京的1077元人民币(约1239港币)、福州的349元人民币(约401港币)、上海的1008元人民币(约1159港币)及贵阳的538元人民币(约619港币)。香港方面的票价每个月会根据上个月的汇率情况进行调整。
购票方面，在香港西九龙站内可以异地购买内地段高铁车票，手续费为10至30元港币。
由于香港西九龙站实行“一地两检”制度，内地居民乘坐高铁抵达香港之后，可以直接在高铁站办理内地出关和香港入关手续。这为乘高铁直达香港扫清了出入关这一程序上的障碍。
